昌都强巴林寺位于昂曲和扎曲两水交汇处，它巍峨地依附在横断山脉之之下，耸立在古冰河切割而成的红壤层上。该寺是由宗喀巴弟子喜绕松布于公元 1444年创建的。 寺内主佛为强巴（大慈）佛，故对该寺的起名为昌都强巴林寺。
强巴林寺与内地王朝的关系历来极为密切。从清朝康熙帝开始，该寺主要活佛受历代皇帝的册封。寺内至今保存有康熙58年5月颁发给帕巴拉活佛的铜印。乾隆56年，乾隆帝为昌都寺书赠“祝厘寺”的匾额。
昌都强巴林寺有五大活佛世系，十二个扎仓，僧人最多时达5000余人，并辖周围小寺70座。现任全国政协副主席帕巴拉·格列朗杰为该寺第一大活佛，现已转世至11世。
该寺主要建筑保存完好，经堂内塑有数以百计的各类佛像和高僧塑像，上千平方米的壁画以及众多的唐卡画，可以说是汇集了昌都能工巧匠的聪明才智，代表了昌都一带最高水平。
